Si l’identification du variant Delta exige présentement de 10 à 15 jours, le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) sera bientôt en mesure d’accélérer le processus. Pour le moment, le variant hautement contagieux ne peut être identifié que par séquençage génomique — l’une des deux techniques d’identification des mutations — au Québec.
Seul le variant Alpha est identifié par criblage, la méthode dite « rapide », dont les résultats sont connus en 48 heures, quoiqu’ils soient alors moins précis que par le séquençage.
Il sera toutefois bientôt possible d’utiliser la méthode de criblage pour le variant Delta, indique Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique au LSPQ. « On est en train de regarder une mutation […] qui va cibler n’importe lequel des trois variants indiens et, à ce moment-là, on va avoir un tableau plus clair et réactif pour la situation épidémiologique », explique-t-elle.
Le variant Delta poursuit sa propagation dans le monde et est devenu le variant dominant dans plusieurs pays. Au Québec, l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) recensait près de 40 cas de variants Delta à travers la province au début de la semaine. Le bilan est passé à 77 cas confirmés par séquençage en date du 30 juin. Il demeure le variant le moins présent sur le territoire québécois, à l’instar du variant Alpha qui est à la base de la grande majorité des nouvelles infections.
« On est à 80 % du variant Alpha ; le reste, ce sont des [variants] brésilien, sud-africain et le variant Delta, qui commence à faire son chemin petit à petit », dit la responsable, qui assure également que le criblage du variant Delta sera déployé de façon « imminente ».
Une mutation québécoise « embêtante »
S’il s’avère déjà difficile de discerner le Delta, son identification est particulièrement compliquée au Québec, indique la spécialiste. « Si un échantillon est négatif aux tests de criblage [du variant Alpha], il y a un autre criblage pour identifier une mutation présente chez le fameux variant indien. Il va détecter le variant indien, mais aussi un autre variant qui est très présent et commun au Québec », note-t-elle.
« On ne va pas être capable de savoir si, oui ou non, c’est un variant indien, à cause de cette autre mutation [du Québec] qui agit aussi avec cette cible de criblage. Donc, on doit faire une étape supplémentaire pour avoir confirmation par le séquençage et, effectivement, c’est un processus qui est un peu plus long et qui peut demander jusqu’à 15 jours », poursuit-elle.
Mme Moreira et son équipe évaluent présentement une mutation spécifique au variant Delta, mais qui n’aurait pas d’interaction avec la fameuse mutation présente au Québec. « À ce moment-là, on aurait quelque chose de plus réactif et de plus clair pour la situation épidémiologique. »
Après la validation au sein du LSPQ, Mme Moreira espère déployer la méthode rapidement dans les hôpitaux et les autres « sites cribleurs ».
Bien utiliser les données ?
Au-delà du portrait plus précis de la prévalence du variant Delta que permettra son criblage, la responsable de la génomique espère que ces données seront bien utilisées. Car si les personnes infectées par le variant Delta ne sont pas prises en charge d’une autre façon que celles touchées par le variant Alpha, alors les bénéfices seront « peut-être moins clairs », selon Mme Moreira.
« C’est tout un sujet de discussion avec les experts. C’est bien de déployer des méthodes, mais après, est-ce que c’est utilisé ? » se demande-t-elle. « On ne peut pas être contre la vertu, et c’est sûr qu’avoir des chiffres clairs, c’est bien, mais c’est très lourd de déployer de nouveaux tests. »
L’OMS a annoncé jeudi que la COVID-19 progresse de nouveau en Europe et a mis en garde contre le risque d’une nouvelle vague de la pandémie portée par le variant Delta.
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